นับแต่ได้มีการตั้งหลักสูตรนักธรรมขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๕ หลักสูตรได้มีการปรับปรุงเรื่อยมาเป็นระยะ ทั้งในด้านเนื้อหาวิชาและตำราที่ใช้เป็นหลักสูตรหรือแบบเรียนในชั้นนั้นๆ ทั้งนี้ก็เพื่อให้ผู้สอบนักธรรมได้ในชั้นนั้นๆ มีความรู้สมกับภูมิ เพราะวัตถุประสงค์สำคัญในการที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงพระดำริจัดตั้งการศึกษานักธรรมขึ้นนั้น ก็เพื่อให้ภิกษุสามเณรมีความรู้ธรรมวินัยสมกับภูมิของตน กล่าวคือ
นักธรรมชั้นตรีเพื่อให้ผู้ศึกษาเล่าเรียนซึ่งยังอยู่ในภูมินวกะ มีพรรษาหย่อน ๕ มีความรู้ธรรมวินัยพอรักษาตัวได้
นักธรรมชั้นโท
เพื่อให้ผู้ศึกษาเล่าเรียนซึ่งอยู่ในภูมิมัชฌิมะมีพรรษาเกิน ๕ มีความรู้ธรรมวินัยละเอียดกว้างขวางออกไปถึงขั้นพอช่วยแนะนำผู้อื่นได้
นักธรรมชั้นเอก
เพื่อให้ผู้ศึกษาเล่าเรียนซึ่งอยู่ในภูมิเถระ มีพรรษาเกิน ๑๐ มีความรู้ธรรมวินัยละเอียดลึกซึ้งยิ่งขึ้นถึงขั้นสามารถเป็นหลักในสังฆกรรม และเป็นอุปัชฌาย์อาจารย์ดูแลสั่งสอนผู้อื่นได้
เมื่อทรงตั้งหลักสูตรนักธรรมขึ้นแล้ว สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ก็ทรงพระนิพนธ์หนังสือต่างๆ สำหรับใช้เป็นแบบเรียนของนักธรรมชั้นนั้นๆด้วย หนังสือบางเรื่องที่ยังทรงพระนิพนธ์ไม่เสร็จ ก็ทรงใช้หนังสืออื่นๆที่ใกล้เคียงกันเป็นตำราหรือแบบเรียนไปพลาง แม้นักธรรมชั้นเอกที่ตั้งขึ้นหลังจากพระองค์ชิ้นพระชนม์แล้ว พระองค์ก็ได้ทรงพระนิพนธ์ตำราสำหรับใช้เป็นหลักสูตรเตรียมไว้เกือบครบทุกวิชา หลักสูตรนักธรรมทุกชั้น ซึ่งได้ปรับปรุงมาโดยลำดับนั้นมาถึง พ.ศ. ๒๔๖๙ จึงเป็นอันยุติได้ ดังนี้
หลักสูตรนักธรรมชั้นตรีเรียงความแก้กระทู้ธรรม ใช้หนังสือพุทธศาสนสุภาษิต ธรรมวิภาค ใช้หนังสือนวโกวาท ตำนาน (พุทธประวัติ) ใช้หนังสือพุทธประวัติ เล่ม ๑-๓ หนังสือปฐมสมโพธิ ขอ'สมเด็จพระสังฆราช (สา) วินัยบัญญัติ ใช้หนังสือนวโกวาท
หลักสูตรนักธรรมชั้นโท
เรียงควาแก้กระทูธรรม ใช้หนังสือพุทธศาสนสุภาษิต ธรรมวิภาค ใช้หนังสือธรรมวิภาค ปริจเฉทที่ ๒ ตำนาน (อนุพุทธประวัติ) ใช้หนังสืออนุพุทธประวัติ และหนังสือพุทธานุพุทธประวัติ เฉพาะประวัติพระสาวก หนังสือสังคีติกถาและ หนังสือปฐมสมโพธิ วินัยบัญญัติ ใช้หนังสือวินัยมุขเล่ม ๑๒
หลักสูตรนักธรรมชั้นเอก
เรียงความแก้กระทู้ธรรม ใช้หนังสือพุทธศาสนสุภาษิต และหนังสือธรรมอื่นๆ มีมงคลวิเสสกถา เป็นต้น
ธรรมวิภาค ใช้หนังสือธรรมวิจารณ์ หนังสือสมถกรรมฐาน หนังสือมหาสติปัฏฐานสูตร และคิริมานนทสูตร แปล
ตำนาน (พุทธานุพุทธประวัติ) ใช้หนังสือพุทธประวัติเล่ม ๑-๓ หนังสือปฐมสมโพธิหนังสือพุทธานุพุทธประวัติ หนังสืออนุพุทธประวัติ และหนังสือสังคีติกถา
วินัยบัญญัติ ใช้หนังสือวินัยมุขเล่ม ๓ (หลักสูตรนักธรรมและเปรียญสำหรับใช้ในการศึกษาและสอบไล่ธรรมวินัย ของพระภิกษุสามเณร. พระยาภักดีนฤเบศร์ รวบรวม, ฉบับพิมพ์ครั้งแรก, พ.ศ. ๒๔๖๙. หน้า ก-ข.)
ถึง พ.ศ. ๒๔๗๕ มีการปรับปรุงในส่วนของวิชาเรียงความแก้กระทู้ธรรมอีกครั้งหนึ่ง คือสำหรับนักธรรมชั้นโท กำหนดหัวข้อธรรมที่ต่างกัน ๒ ข้อ ให้นักเรียนแต่งเป็นทำนองเทศน์เชื่อมความ ๒ ข้อนั้นให้ต่อเนื่องกันสนิท และให้ชักภาษิตในที่อื่นมาอ้าง ๒ แห่ง อย่าให้ซ้ำกัน
สำหรับนักธรรมชั้นเอก กำหนดหัวข้อธรรมต่างกัน ๓ ข้อ ให้นักเรียนแต่งเป็นทำนองเทศน์ เชื่อมความ ๓ ข้อนั้น ให้ต่อเนื่องกันสนิท และชักภาษิตในที่อื่นมาอ้าง ๓ แห่ง อย่าให้ซ้ำกัน และในศกเดียวกันนี้ ได้เพิ่มเติมหลักสูตรนักธรรมชั้นเอก คือให้สอบพระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. ๑๒๑ อีกส่วนหนึ่ง และถือว่าเป็นวิชาสำคัญ ถ้าสอบวิชานี้ตกวิชาอื่นในชั้นเป็นอันตกไปด้วยกัน
หลักสูตรนักธรรมชั้นโทและชั้นเอกที่ปรับปรุงใหม่ดังกล่าวนี้ เริ่มใช้แต่ พ.ศ. ๒๔๗๕ เป็นต้นไป (ประวัติการศึกษาพระพุทธศาสนาในประเทศไทย. หน้า ๑๕๙๑๖๐.)
หลักสูตรธรรมศึกษาที่ใช้ในปัจจุบัน มีขอบข่ายการเรียนการสอนดังนี้
๑. วิชาเรียงความแก้กระทู้ธรรมหลักสูตร ใช้หนังสือพุทธศาสนสุภาษิต เล่ม ๒ มี ๕ หมวด คือ
๑) อัตตวรรค ๒) กัมมวรรค ๓) ขันติวรรค ๔) ปัญญาวรรค ๕) เสวนาวรรค
๒. วิชาธรรมวิภาค
หลักสูตร ใช้หนังสือธรรมวิภาค ปริเฉทที่ ๒ ชั้นนี้กำหนดให้เรียนหมวดธรรม ตามการปรับปรุงหลักสูตรธรรมศึกษา พ.ศ. ๒๕๔๖ มีหมวดธรรม ดังนี้
ทุกะ หมวด ๒ - กัมมัฏฐาน ๒, กาม ๒, บูชา ๒, ปฏิสันถาร ๒
สุขติกะ หมวด ๓ - อกุศลวิตก ๓, กุศลวิตก ๓, อัคคิ ๓, อธิปเตยยะ ๓, ญาณ ๓, ตัณหา ๓, ปาฏิหาริยะ ๓, ปิฎก ๓, พุทธจริยา ๓, วัฏฏะ ๓, สิกขา ๓
จตุกกะ หมวด ๔ - อปัสเสนธรรม ๔, อัปปมัญญา ๔, พระอริยบุคคล ๔, โอฆะ ๔, กิจในอริยสัจ ๔, บริษัท ๔, บุคคล ๔, มรรค ๔, ผล ๔
ปัญจกะ หมวด ๕< - อนุปุพพิกถา ๕, มัจฉริยะ ๕, มาร ๕, เวทนา ๕
ฉันกะ หมวด ๖ - จริต ๖, ธรรมคุณ ๖
สัตตกะ หมวด ๗ - วิสุทธิ ๗, สัตตกะ หมวด ๗, วิสุทธิ ๗
อัฏฐกะ หมวด ๘ - อวิชชา ๘
นวกะ หมวด ๙ - พุทธคุณ ๙, สังฆคุณ ๙
ทสกะ หมวด ๑๐ - บุญญกิริยาวัตถุ ๑๐
ทวาทสกะ หมวด ๑๒ - กรรม ๑๒
๓. วิชาอนุพุทธประวัติ
หลักสูตรใช้หนังสืออนุพุทธประวัติ พระนิพนธ์ สมเด็จพระสังฆราช (สา ปุสฺสเทวมหาเถร) และศาสนพิธีเล่ม ๒ ขององค์การศึกษา ชั้นนี้กำหนดให้เรียนประวัติของพระสาวกจำนวน ๔๐ รูป ตามการปรับปรุงหลักสูตรธรรมศึกษา พ.ศ. ๒๕๔๖ ดังนี้
๑. พระอัญญาโกณฑัญญเถระ
๒. พระอุรุเวลกัสสปเถระ
๓. พระสารีบุตรเถระ
๔. พระมหาโมคคัลลานเถระ
๕. พระมหากัสสปเถระ
๖. พระมหากัจจายนเถระ
๗. พระโมฆราชเถระ
๘. พระราธเถระ
๙. พระปุณณมันตานีบุตรเถระ
๑๐. พระกาฬุทายีเถร
๑๑. พระนันทเถระ
๑๒. พระราหุลเถระ
๑๓. พระอุบาลีเถระ
๑๔. พระภัททิยเถระ
๑๕. พระอนุรุทธเถระ
๑๖. พระอานนทเถระ
๑๗. พระโสณโกฬิวิสเถระ
๑๘. พระรัฐบาลเถระ
๑๙. พระปิณโฑลภาระทวาชเถระ
๒๐. พระมหาปันถกเถระ
๒๑. พระจูฬปันถกเถระ
๒๒. พระโสณกุฏิกัณณเถระ
๒๓. พระลกุณฏกภัททิยเถระ
๒๔. พระสุภูติเถระ
๒๕. พระกังขาเรวตเถระ
๒๖. พระโกณฑธานเถระ
๒๗. พระวังคีสเถระ
๒๘. พระปิลินทวัจฉเถระ
๒๙. พระกุมารกัสสปเถระ
๓๐. พระมหาโกฏฐิตเถระ
๓๑. พระโสภิตเถระ
๓๒. พระนันกเถระ
๓๓. พระมหากัปปินเถระ
๓๔. พระสาคตเถระ
๓๕. พระอุปเสนเถระ
๓๖. พระขทิรวนยเรวตเถระ
๓๗. พระสีวลีเถระ
๓๘. พระวักกลิเถระ
๓๙. พระพาหยทารุจีริยเถระ
๔๐. พระพากุลเถระ
๔. วิชาวินัย (อโบสถศีล) หลักสูตร ใช้หนังสืออุโบสถศีลของพระศรีรัตนโมลี (ชัยวัฒน์ ปญฺญาสิริ)